Program PhD dalam Sains Hayat Molekul (DMLS) menyumbang kepada keinginan Khalifa Universityuntuk menjadi pusat kecemerlangan dalam sains, kejuruteraan dan perubatan dalam rantau ini dan seterusnya. Program ini menyokong penjajaran Universiti dengan rancangan Wawasan Ekonomi Abu Dhabi 2030 melalui penyediaan pendidikan yang cemerlang di peringkat antarabangsa dan pengalaman pelajar dalam sains, menghasilkan profesional sains berkemahiran tinggi yang mampu memindahkan teknologi terkini dalam sektor industri keutamaan, perniagaan dan kerajaan

Ijazah Doktor Falsafah dalam Kejuruteraan (Ph.D. in Engineering) dianugerahkan kepada calon yang berjaya menyelesaikan kursus yang diajar dan komponen penyelidikan program. Pelajar dikehendaki melengkapkan program kursus lanjutan dalam bidang kejuruteraan.

Matlamat Ph.D. dalam program Kimia adalah untuk melahirkan graduan yang mampu menjalankan penyelidikan bebas dalam Kimia pada tahap keaslian dan kualiti tertinggi. Ijazah ini akan diberikan kepada pelajar yang menunjukkan pelbagai pengetahuan dan kemahiran lanjutan di barisan hadapan Kimia dan yang menyelesaikan penyiasatan bebas topik pakar novel untuk membentangkan disertasi yang menangani masalah dalam penyelidikan canggih.

Matlamat Ph.D. dalam program Matematik adalah untuk melahirkan graduan yang mampu menjalankan penyelidikan bebas dalam Matematik pada tahap keaslian dan kualiti tertinggi. Ijazah akan diberikan kepada pelajar yang menunjukkan pelbagai pengetahuan dan kemahiran lanjutan di barisan hadapan Matematik dan yang menyelesaikan penyiasatan bebas topik pakar novel untuk membentangkan disertasi menangani masalah dalam penyelidikan canggih.

Matlamat Ph.D. dalam program Fizik adalah untuk melahirkan graduan yang mampu menjalankan penyelidikan bebas dalam sains Fizik pada tahap keaslian dan kualiti tertinggi. Ijazah ini akan diberikan kepada pelajar yang menunjukkan pelbagai pengetahuan dan kemahiran lanjutan di barisan hadapan Fizik dan yang menyelesaikan penyiasatan bebas topik pakar novel untuk membentangkan tesis yang menangani masalah dalam penyelidikan canggih.

Matlamat Ph.D. dalam program Sains Bumi adalah untuk melahirkan graduan yang mampu menjalankan penyelidikan bebas dalam Sains Bumi pada tahap keaslian dan kualiti tertinggi. Ijazah ini akan diberikan kepada pelajar yang menunjukkan pelbagai pengetahuan dan kemahiran lanjutan di barisan hadapan Sains Bumi dan yang menyelesaikan penyiasatan bebas tentang topik pakar novel untuk membentangkan disertasi yang menangani masalah dalam penyelidikan canggih.